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5个五核苷酸Y-STR基因座在河南汉族群体中的遗传多样性研究

来源:www.timetimetime.net 时间:2019-10-17 编辑:教育

Y染色体短串联重复序列(STR)遗传标记具有分型简单,扩增容易,父系遗传和重现性好等优点。它已成为分析法医实践中诸如混合斑点和微降解等生物样品的个人识别。父亲男性成员之间父母身份认同的重要手段。具有五个核苷酸核心序列的Y-STR基因座在复杂扩增中具有较少的显性扩增的优点,并且在法医实践中具有某些优点。当前报道了十几个五核苷酸Y-STR基因座。相对常用的四核苷酸Y-STR基因座,关于五核苷酸Y-STR基因座的研究很少。根据NCBI()和相关报道,作者选择了五个五核苷酸Y-STR遗传标记: DYS446,DYS447,DYS463,DYS588和DYS643在河南汉族人群中进行了遗传多态性研究,从而为法医学应用提供了基础材料。实践和人类学研究。

1材料与方法

1.1样品来源和处理

在知情同意下,从河南省的403名汉族男性(确定在河南生活了3代)中采集了血液样本;用常规有机酚/氯仿法提取基因组DNA。

1.2五核苷酸Y-STR基因座的基本信息和引物序列

根据文献提炼了五个五核苷酸Y-STR基因座的基本遗传信息。使用PrimerPrimierv 5.0软件设计引物,并用上海英杰捷基生物技术有限公司合成的TAMRA和6-FAM荧光染料标记引物(表1)。

1.3 PCR扩增和产物检测

pcr扩增体系为25μl,包括1×taq dna聚合酶缓冲液、1.5mmol/lmgcl22.5μl、2mmol/l dntps 1μl、10μmol/l引物、10-50ng模板和1个utaqplus聚合酶。反应条件:在95°C下预变性45s,在55-64°C下退火45s(表1),72°C下45s,32个循环;72°C下10min;产物在4°C下贮存。1μl PCR产物,0.3μl内标siz500与10μl去离子甲酰胺混合均匀。在95℃变性后,在ABI3130基因分析仪上进行全自动毛细管电泳,并使用Genemapperidv3.5软件对等位基因进行分型。

1.4等位基因分型

1.4.1等位基因分型标准的制备,收集60g/L聚丙烯酰胺凝胶电泳后5个位点的等位基因片段,置于500μLEP试管内,加入50-100μl 0.5×Te。搅拌过夜后,以3.0μl为模板,在1.3所述条件下进行扩增,扩增产物按比例混合。

1.4.2等位基因命名后,由上海英杰杰基生物科技有限公司对每个位点的不同等位基因进行测序,并根据国际法医遗传学学会DNA委员会推荐的命名法进行命名。

1.5统计处理

使用Microsoft Excel软件进行数据处理。每个指标的计算公式如下:基因多样性(GD)=n(1-σPi2)/(n-1),Pi是种群中每个等位基因的频率。单倍型多样性(HD)=n(1-σPi2)/(n-1),Pi是种群中每个单倍型的频率。鉴别力(DP)=1-σPi2。辨别能力(DC)=n/N,N是样本数,n是不同单倍型的数。

2个结果

2.1 5个五核苷酸Y-STR位点的测序结果。 DYS446,DYS588和DYS643属于简单重复序列,而DYS447和DYS463属于复合序列。

2.2 5个五核苷酸Y-STR位点的等位基因频率以及GD和DP值。在403名河南汉族个体中,分别在DYS446,DYS447,DYS463,DYS588和DYS643中发现了11、9、7、9和6个等位基因。 DYS446和DYS447基因座的多样性较高,而DYS463和DYS643基因座的多样性较高。相对较高,DYS588基因座的等位基因分布集中在等位基因13中(频率最高为0)。

在河南汉族人群的403位无关男性个体中,有5个基因座(DYS446,DYS447,DYS463,DYS588和DYS643)的311个单倍型。其中261个(占83.92%)只有一种单倍型,单倍频率为0.0025,单倍型数量最多。身体形状为15-24-22-11-13和15-23-22-12-13。 HD,DP和DC分别为0.0。和0.

3讨论

研究了河南汉族人群5个y-str基因座的遗传多态性。dys446和dys447的多态性较高,gd和dp值均大于0.8;dys463和dys643的多态性较高,状态相对较高;dys588的gd值和dp值均小于0.5,在实际应用中应谨慎使用。与dys463、dys588和dys643单倍型相比,由5个位点组成的单倍型增加了220个,hd和dp值增加到0。0。因此,可以认为dys446和dys447基因座在5个基因座的hd和pd升高中起重要作用。根据Ballantyne等人的报告。在父系遗传过程中,突变率随着重复单位长度的增加而降低。本研究未发现河南汉族群体dys643和dysys446基因座中的11.1和15.1等位基因,表明2个基因座在河南汉族群体中相对稳定,重复性较好。国外也有类似的报道,如利用dys643基因座与其他ystr基因座结合的优势进行群体研究,并将dys643作为突变率研究的参考基因座。Promega的PowerPlexy23系统(PPY23)工具包添加了DYS643位点,并检测了多个种群,这已经被发现具有很高的法医应用价值。

因此,dys446、dys447和dys643基因座具有稳定性好、多态性高的优点,可作为y-str基因标记在法医实践中应用的候选基因座。

通过对5个基因座遗传多态性的分析,一方面对河南汉族人群的Y-STR数据进行了一定程度的补充。例如,与张秀华的文献[15]相比,发现河南汉族人群中有四个新的DYS446等位基因,分别为8、19、20和21,其中8个等位基因仅出现一次。频率为0.0025。另一方面,已经发现了一些差异,例如与湖北等人研究的潮汕汉族人群的比较。 [16],我们发现在河南汉族人群中DYS588中有6和9个稀有等位基因,而与张永吉等人研究的韩国人群相比,有8、20和21个等位基因。 [17],但张永吉等人未提及等位基因。仅在汉族人口中。等位基因10出现在族群中,因此需要更多的研究来分析等位基因是否存在于河南汉族人群中。本研究中,河南汉族人群中5个Y-STR基因座的HD和DC分别为0和0。这表明5个基因座的单倍型在河南汉族人群中具有较高的遗传多态性。

综上所述,DYS446,DYS447,DYS463和DYS643在河南汉族人群中具有良好的多态性,可用于河南汉族人群的法医实践和人类遗传学研究。

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